Merle beim Border Collie
Die Fellfarbe „Merle“ ist eine Mutation des Silver-Locus-Gens (Pmel17). Das Merle-Gen hellt die schwarze und rote Grundfarbe der Fellbereiche auf und sorgt für einen höheren Weißanteil, während es die Fellbereiche der tan-farbenen Abzeichen am Kopf und an den Beinen unverändert lässt.
Die auf Eumelanin beruhenden Farben wie Schwarz und Braun können durch das Merle-Gen unregelmäßig aufgehellt werden. In den so gefärbten Bereichen oder einzelnen schwarzen oder braunen Haaren entstehen weiße Abzeichen. Sie können als große Flecken oder als feine Sprenkelung vorkommen. Manchmal kann das Schwarz auch zu einem zarten Hellgrau variieren. Entsprechend kann das durch den Braun-Locus entstandene Braun zu helleren Braun- und Cremetönen aufgehellt werden. In der Regel sind nur Teilareale von der Aufhellung betroffen, wodurch es zu einem bunt-scheckigem Aussehen kommt.
Die Augen können einfarbig braun, einfarbig blau, oder gemischtfarbig sein – wobei es Hunde gibt, die ein blaues und ein braunes Auge haben, als auch solche, die beide Farben in einem Auge vereinen.
Das Merle-Gen ist dominant über die Grundfarben, so dass man in den meisten Fällen den Merle-Faktor klar sehen kann. Allerdings gibt es zwei Ausnahmen. Die Farbe Zobel und die Farbe Australian Red (auch ee-Red genannt) maskieren das Merle-Gen. In diesen Fällen kann man an den Welpen noch die typische Merle-Färbung erkennen. Die Merlefärbung verliert sich aber in wenigen Wochen mehr und mehr, bis schließlich nur noch die beiden genannten Farben zu sehen sind.
Der Grund hierfür ist das Gen „e“.das auf dem Extension-Locus sitzt und dafür sorgt, dass ein Hund am gesamten Körper Gelb oder hellbräunliches Fell hat, welches von dem Merle-Gen nicht verändert werden kann, genauso wie die tan-farbenen Bereiche. Somit zeigen diese Hunde an keiner Stelle des Körpers die typische Merlefärbung.
In Rassen wo das Merle-Gen vorkommt, ist deshalb bei Tieren diesen Farben Vorsicht geboten, da man sonst unwissentlich zwei Träger der Merle-Gens miteinander verpaaren könnte. Aus tierschutzrechtlichen Gründen ist die Verpaarung zweier Träger des Merle-Faktors in Deutschland verboten, da bei Merle in reinerbiger Form (Doppelmerle), das Risiko für gesundheitliche Schäden wie Taubheit oder Blindheit sowie nicht lebensfähiger Welpen extrem hoch ist.
Merle x Merle Verpaarungen gelten als Qualzucht.
Wenn man einen Träger des Merle-Gens mit einem Hund paart, der das Gen nicht hat, sind statistisch 50 % Merle- und 50 % andersfarbige Welpen zu erwarten. In der Praxis fallen normalerweise unter 50 % Merle-Welpen.